Enzimas que são parte dos
sistemas de restrição-modificação. Catalisam a clivagem endonucleolítica de sequências de DNA que não possuem o padrão de
metilação da espécie no DNA da célula hospedeira. A clivagem produz fragmentos ao acaso, ou específicos de fita dupla, com 5'-fosfatos terminais. A função das
enzimas de restrição é destruir qualquer DNA estranho que invada a célula hospedeira. A maioria tem sido estudada em sistemas bacterianos, mas poucos foram encontradas em organismos
eucariotos. Também são usadas como ferramentas na
dissecção sistemática e no mapeamento dos
cromossomos, na
determinação da
sequência de bases do DNA, e tornaram possível cortar e recombinar genes de um organismo no
genoma de outro. EC 3.21.1.